<>ディレクトリ型動画の存在を想定した仕様ではないため、仕様を一意に決めることが出来ないです。
<すみません、ここどういう意味なのか分かりかねます。
旧仕様は動画が一つのバイナリーコンテンツで表せることを前提としている(flv,mp4,swfとか)。
複数のファイルからなる動画キャッシュ(hlsキャッシュ)を求められた時の振る舞いを決められない。
複数のファイルをいっぺんに配信したりダウンロードさせたりする仕様がhttpには無いから、このWebAPIには担わせられない。
といった意味合いでした。
※前提知識。hls動画は1〜3つのm3u8ファイルと複数の動画部分ファイル(ts,cmfv,cmfaなど)からなります。

<・APIから得られた.m3u8をニコニコ動画プレイヤーに引き渡して再生させる（hlsになる前は実際にフィルタまとめで使用していました。）
m3u8ファイルだけ渡しても関連ファイルが読めないから、単純な実装だと無理だと思います。

># ローカルFLVサーバ機能 (true/false)
># flvplayer_wrapperのローカルFLVに必要な /cache/ フォルダの動作を行います
># /cache/<smid>.flv のアクセスに対してキャッシュを返すようになります
># trueで有効、falseで無効
>localFlv=true
とても古い。