소거 프로그램은 HDD의 사용을 상정하고 만들어졌다. 플래시 메모리를 사용하는 SSD는 특성상 덧쓰는 것이 불가능하고, 셀을 지울 수 있는 횟수가 한정적이다. 그러므로 데이터를 기록할 때도 순차적으로 기록하지 않고 여러 셀을 균등하게 사용하며(웨어레벨링), 가비지컬렉션 기능 때문에 데이터가 저장된 물리적 위치가 수시로 바뀌며, TRIM 기능이 삭제한 파일의 데이터를 적당한 때에 알아서 지워준다. 따라서 SSD는 기존의 소거 프로그램을 사용할 필요가 없으며, 사용하더라도 프로그램이 의도한대로 작동하지도 않는다. 대부분의 SSD는 Secure Erase라는 기능을 지원하므로 필요하면 그것을 이용하자. 속도도 매우 빠르고 훨씬 안전하다. (다만 부분적인 데이터 삭제가 불가능하고 전체 드라이브를 한번에 비워버린다) hdparm이나 parted magic 같은 툴을 통해서도 사용이 가능하지만 대부분 제조사에서 만들어 놓은 유틸리티가 있다. CZ80같은 SSD컨트롤러 들어간 일부 USB 메모리도 사용이 가능한게 확인되었다.

SSD의 경우 소거 프로그램으로 와이핑해도 흔적이 남는 반면에 윈도우 상 일반 포맷(윈도 비스타 버전 이상) 기능을 사용하면 깔끔하게 와이핑되는 경우도 있다.

트림, 웨어레벨링, 가비지컬렉션 기능이 없는 일반 SD카드나 USB 메모리의 경우 1-pass 소거로도 무방하다. 3-pass 초과의 소거는 플래시 메모리에서는 의미 없다.